Zrušení obsahu repozitáře a repozitáře samotného lze snadno provést přes administraci  Další nástroje -> Vlastnosti adresářů kde je nejprve nutné provést Deploy nad daným GIT repozitářem a poté tento adresář vytvořený jako GIT repozitář zrušit.

Následně je možné obsah adresáře odstranit běžným FTP klientem po nastavení FTP přístupu v administraci.